在朱慈烺正式接管杭州府后，史可法不日便来到了杭州府，留下礼部尚书姜曰广和工部尚书高宏图镇守南京。
当日兵部尚书史可法便向朱慈烺提议道，“先帝以圣明之主被逆贼迫害于煤山之下，不枭首闯贼之头，不足以泄臣民之恨。当前最重要的急事，莫过于办寇矣，然我与贼寇敌众我寡；臣议借建虏之兵先灭李贼，再诛灭马士英、阮大铖等一众乱臣贼子，是今日不得不做的事情。望殿下早做决断，以报先帝之仇，光复我大明便指日可待。”
朱慈烺面对史可法如此的“驱狼如虎”之策大感不悦“史尚书此乃驱狼如虎之策，恕我无法听从。今建奴已拿下山海关兵临关内，四处掠杀我大明子民，饮我民室血，吃我骨髓，壮以强大自身，自先叔父天启皇帝朱由校，与建虏征战数余载，我大明军民死伤无数，建虏亦死伤不知其数，后金主努尔哈赤亦死于我皇室，与我明室有不共戴天之仇不可化解，岂会顺从汝等之心意。卿等欲借建虏之兵内灭闯贼、杀逆臣，然建虏灭贼之后占京师、据中原之地，又借征讨淮北之逆臣霸占不走，兵指南都，卿等该如何据之，我大明江山必亡于此，那时诸位皆罪人矣，何谈复仇、中兴之事”
“殿下所言不无道理，然我复仇之士卒不及张贼、李贼之广，今李贼已下京师欲东进，建虏尚在关外，借虏平寇此乃权宜之计，我朝只需供给粮草不出一兵一卒，待李贼兵败出京师，再断供给，建虏还未南下必将困于粮草不得动弹，我军再兴师北上，复我中原”
朱慈烺听闻史可法如此迂腐之言，仍以大顺为大敌，不正视大清的狼子野心，不知晓大清的兵强，依旧强调内斗，大感拯救大明无望，如无朝中大臣支持，怎么才能推进改革，只能如历史长流一样任人鱼肉、我为刀俎，难道历史真不可逆吗？大明真的气数已尽？听完朱慈烺的发言，真的是又气又恼，感觉胸腔中堵着一口气，沉闷的无法言喻难受之极。
只见左宗周身边一御史沈全愤而起身道“虏、贼皆为我大明的大敌，皆是我大明的国仇。自辽东动乱以来，天下财富尽耗于建虏，故群贼乘势而起，以致先帝之自缢，我大明北地皆流民四起，天下大乱，乱贼横行。尔等心存侥幸，容建虏借复仇以南扩，待建虏合贼寇之势，如何去之”
兵部侍郎陈子龙又言“史尚书通敌实非良策，自强乃是根本，臣子恳请殿下使臣整备军务，以赏罚严明治于军，君臣上下一心并力北伐，则光复京师指日可待。若假借虏兵，如宋朝借金灭辽，借元以灭金，则必亡于虏人之手”
史可法听言发觉有理，又担心自己说的如果自己承认错误那不是打脸，自己在太子殿下可能会失势，又犹豫了起来，不妨听听这位年轻太子的想法“殿下，臣子愿听殿下安排”
朱慈烺心中怒气顿时散了出去，不禁大喜，此时还需要史可法等大臣辅佐，也不好得罪过分，便婉言道“爱卿皆是我大明忠臣，虽想法各异，然都是思我大明社稷，无需争吵，我高兴之极。我观史尚书之言侧重于我军势小贫弱，不能以一力平贼寇，陈侍郎和沈御史皆看重虏之亡我大明之心不死，三位爱卿核心要义皆是北伐中原，匡扶明室，如此我便是定下国策以‘北伐’为第一要义，卿等可赞同”
史可法见自己的意见也没有被殿下全盘否定也是满意，与其他大臣一同道“臣等无异议，愿奉殿下旨意”
朱慈烺见大臣都听自己安排，便顺势推出自己定下的政策：先是设科广纳人才由刘宗周负责；再由史可法进行筹措军粮招兵买马，最后派遣陈子龙从军队上开始改革，在杭州府设立京营，陈子龙担任前军总兵，练精兵六万，由浙江巡抚儿子方元科担当中军总兵，前军为主力三万人由陈子龙直接指挥，编制为五千骑兵、五千弓箭手，其余为步卒。中军由孙守法指挥以杭州府五千军队为基础充实成两万人以配置为三千骑兵、五千弓箭手，其余为步兵。后军由太子朱慈烺亲自指挥设立御林军，配置为三千御林军骑兵、一千御林军火铳手和两千御林军弓弩手、两千御林军大刀队、两千御林军长枪手，再加一百炮将军营；重设锦衣卫由张元科担任锦衣卫都统指挥，听命于朱慈烺，暂定任务为军情打探。