在1644年5月22日，杭州战败消息已经进入了南京城，弘光帝朱由崧此时震惊不已，以十万精锐对阵杭州城仓促拉起来的六万人竟然损兵近万人，但他也知道自己是这些将军拥立，也不敢过分指责他们，只能督促阮大城尽快拿下杭州。弘光帝朱由崧想着身边只剩下黄得功、高杰懂军事，但高杰在江北要防着清军抽不出身，就喊来黄得功来议一议军事，黄得功乘机带几百人入了南京城。
在明朝，南京城南北长5里，东西宽4里，呈四方形，东连钟山，西据石头，南贯秦淮，北带玄武，城周33.68公里，最高处达60米，最低处仅10多米，南京城墙有城门13座。黄得功在与朱慈烺制定计划的时候早已将南京城的情况汇报了，南京城内守军不足一万人，13座城门要处处设防，但弘光帝朱由崧的军队人数不足，又处处都是漏洞，不过本身弘光帝就是由四镇拥立的，也在南京城外形成一个屏障，碌碌无为的弘光帝本身也不用担心南京会被打到，因为需要先打穿江北防线才能危及到南京，南京的防务本身就不受重视，也难怪在历史上清军一天就拿下南京。
弘光帝朱由崧在御书房单独召见了黄得功，“黄爱卿，你可知阮尚书战败的消息”
黄得功并没有任何表情波动，随口回答道“皇上，臣一直忙于安徽地方设防，观察左良玉军队的调动，未曾收到什么消息”
弘光帝朱由崧把前线战败的消息和黄得功复述了一下，又很谨慎的问道“黄爱卿，如今从阮尚书传回来的战报中得知，敌我形式已经改变，只能进行消耗，想要速战已不可能，你觉得我们还有几分胜算”
黄得功其实早已知道了这个消息，只是不想让弘光帝撤军，只能给他打打气“皇上，我朝军队都是历经大小战无数绝不是杭州城内那些娇身冠养的士兵所能比拟的，假以时日一定攻下来，皇上不必担忧”
弘光帝朱由崧顿时放下了心，赏赐了黄得功一些礼物就散了。
朱慈烺在黄得功进入南京城以后，到了晚上就带着四万军队埋伏在离南京不远的山上，随着“嘭！”一声南京上空亮起来烟花，在漆黑的夜里极为的明亮。这是黄得功发起进攻的信号，六百黄得功的亲卫，纷纷抽出雪亮的明刀，即便是在漆黑的夜里，也能够清晰的看到这一种雪亮，就仿佛是大片的白雪在挥舞一样。“进攻”随着黄得功一声号令，士兵们纷纷冲向城门口，与此同时，南京城门外的其他方向悄咪咪的摸进来了一大批军队，也几乎在同一时间开始了进攻的步伐。进入了沉睡之中的朱由崧和南京城内的士兵，在这一刻也被惊醒了。顿时，他们就意识到了已经大祸临头了。慌忙的起身，去召集城内的守军，但是，却发现，四面八方都是敌人。
朱慈烺也是第一次上战场，不免有些紧张，骑着一匹黑马在南京城外远远的观望着。在朱慈烺军队的冲击之下，南京城门很快就陷落了，当朱由崧的军队发现四周都是敌军，城内的守军很快就崩溃了。一根根的火把点燃了，已经失去战斗力的士兵，被全部抓了起来。收缴了他们的武器之后，再将手也捆住，这使得他们再没有了反击之力。当然，在这一过程之中，有人试图反抗的，下场则是直接被击杀。接连杀了两个人之后，剩下的人也就都老实了。毕竟，没有人想死，即便只能多活一会儿也行。黄得功在同朱慈烺的军队会合以后，就带领一万人杀向南京的皇宫。
当朱慈烺随着战事的结束也进南京城，“太子殿下，朱由崧已经我手下被杀了！”这个时候，黄得功迎面赶了上来。“很好！黄将军，这一次你立了大功啊，你是我大明的定国将军！”朱慈烺由衷的赞叹道。在清理完城内的守军以后，朱慈烺正式的入主了南京城，对于马士英等人全部问斩，并且把朱由崧的首级让锦衣卫快马加鞭的送去给阮大铖。
这一仗打的非常顺利，所以南京城内并没有什么破坏，南京城内的反抗随着朱由崧的死亡就停止了，南京的兵工厂也能正常使用，但城内还需要大量的军队进行驻防，也为了防止江北的军队攻过来，黄得功的军队也得驻防安徽，当务之急是必须扩张军队。
第二天清早就喊来了黄得功，“黄将军，我们马上就要控制江苏、安徽、浙江这么广大的地盘，还有很多敌人，我想现在就扩军”
黄得功觉得太子说的也对，反正有仗打他就能建立军功，“太子殿下，我觉得目前是需要很多的军队来维持安全，但想要能打仗恐怕还得训练半年以上”
朱慈烺思考了片刻回答道“黄将军，我们的兵力还是太薄弱了，我想直接从你的部队基础上抽调一部分军队直接扩军，直接把你的那些老兵提拔上去带领新兵，我需要大量有战斗力的部队应对即将来临的大战，现在的敌人有残敌高杰、左良玉、清军、大西、大顺，如果没有足够的军队，我们会很危险”
黄得功对此并没有意见，能带领的军队当然是越多越好“殿下所说的非常有远见，末将只是武夫那些政事思考不来，行军打仗我在行，但是国家大事您定夺就好了”
朱慈烺在得到了黄得功的支持以后，便开始了大规模的扩军计划，先将黄得功的老兵抽调出1万人作为基础扩充到10万人成为禁军由朱慈烺亲自指挥，孙守法暂为总指挥使，1万老兵按营、卫、总旗进行提拔，1营掌管5000千人，1卫掌管1000人，1旗掌管100人，设置20营，给这些老兵都升了官他们就有带新兵的动力了，等训练三个月就能形成一定的战斗力，至于武器盔甲就更不用担心了，南京城内就有金陵制造局，还有弘光政权留下的大量辎重，话说另一头黄得功这边就安排继续驻扎安徽。