刘裕深感责任重大，经过查看地形之后，弃守句章故城，而于浃口南部筑新城，更利于防备孙恩从浃口登岸。
北府军兵力缩水严重，三吴之地被孙恩祸害得元气大伤，司马元显无法再从三吴募兵，所以张法顺暗中劝他，暂时对杨安玄隐忍，等明年杨安玄操练好了兵马之后，再把新募的兵马调往京城戍守。
见到刘裕之后，刘敬宣大为叹服，认为北府军中无人能出其右，刘裕必成大气。
十二月二十日，建康。
退回海岛过完年的孙恩，补给很快耗尽，不得不冒着严寒再次登陆。
马上便要过年，司马元显准备热热闹闹过个大年，冲冲这段时日的晦气。
孙恩逃回海岛后，刘牢之把麾下将领分派各县及沿海要点防守。孙恩两次皆从浃口登陆，刘牢之让麾下骁将刘裕防守浃口城旁的句章城。
拓跋珪准奏，令京中道士、信士前去听讲。
二月一日，孙恩以水师为先锋，战船千余艘载着数万大军蜂拥而来，浃口城很快陷落。
刘裕部将虞丘进先行到达呵浦，战败张骠，刘裕没有继续北进，而是呵浦坚守。
没有了刘裕的追扰，孙恩集结大军围攻沪渎垒。吴郡非刘牢之统辖，没有朝庭旨意，刘牢之无法率军救援。
刘裕劝说道：“贼兵久经兵战，精锐异常，三吴人士久不经战阵，恐不知贼。若前锋失利，我军兵力不足，席卷之下必使全军战败，还请你率兵殿后，作为声援。”
乱军见刘裕一副拼命的架式，乱成一团，纷纷弃甲而逃，刘裕趁机掩杀，阵斩姚盛。
新任御史中丞何嗣奏称，襄城、颍川、萦阳三郡太守弹劾都亭侯、广威将军杨安玄无故兴兵强占许昌城，索要军资粮草，请朝庭下旨严惩。
句章城，位于浃口南面，临江而设。
温详得知后，心痛不已，气得破口大骂，崽卖爷田心不疼，杨安玄是打算把自己数年辛苦攒下的积蓄个光啊。
虞丘进，当年参加过淝水大战，官封关内侯，是沙场宿将；刘钟镇北参军督护，追随刘裕，作战勇猛，有这两人守城，刘裕自可放心离开。
乱军久攻句章不下，孙恩得知北府援军即将到达，无奈之下，只得带着麾下从浃口登船，再次退回海上。
刘敬宣向父亲请求率军救援句章刘裕，刘牢之认为，句章城城小兵少，逢孙恩数万大军围困必不能保，等援军到达恐怕早已城破，反而容易被孙恩各个击破，不如聚齐大军才出兵。
北府军虽然打败孙恩，但孙恩依旧逃回了海岛，隐患仍在，朝庭急需兵马补充。
四月二日，鲍嗣之率军与乱军战于沪渎之南，兵败身死。刘裕配多备鼓，虚张声势，徐徐后撤。
十二月十六日，广固。
京城，司马元显认为吴郡有兵马近五千，沪渎垒防御森严，乱军难以攻克。
司马元显深以为然，准备年后让延尉派人前来许昌查问原委，让五兵部督促杨安玄加紧操练新军，严令襄城、颍川、荥阳以及汝南、河南五郡按时供给新军粮饷。
拓跋珪下旨于西山为寇谦之建仙师观，让寇谦之为之炼丹。
退回海上的孙恩，稍加整顿之后，于三月再次登岸。这一次孙恩没有选择浃口，而是选择了会稽北部的吴郡海盐县。
相传句践败吴后东巡，至此见地势较高且平坦，不易被海水侵袭，乃下令筑城。章同彰，意为让后代子孙知其功业，乃命城名为句章。
刘裕于两千麾下中选取敢死队六百人，脱去甲胄，手持直刀，从城中鼓躁而出，杀向万人乱军。
孙恩大军呼啸而来，将句章新城围得水泄不通，孙恩以为两日之内便可夺取句章新城。
除夕，多数杨家人在新息城外的农庄过年。
…………
而且刘裕驻军句章时，善待城中百姓，发放军粮赈灾，约束麾下秋毫不犯，深得民心。
上虞城，刘牢之亲自坐镇于此。得知孙恩乱军六七万人登陆，浃口很快丢失，当即下令各地严加戒备，召集驻守在山阴、沪渎等地的高雅之、桓不才等人，准备聚集兵马与孙恩决战。
五兵尚书董怀道：“臣接到杨安玄的禀文，称朝庭有旨着其募兵五千，命五郡供其军资，然襄城、颍川、萦阳三郡置若罔闻。五千兵马已募齐，却无粮草供应，不得以才率军前往颍川就食。颍川太守温详闭门不纳，语多挑衅，城中将士不忍袍绎饥寒，夜开北门，杨安玄遂入城。”
五月十八日，乱军攻陷沪渎垒，吴郡内史袁崧及四千多守军战死，孙恩纵军大肆劫掠。
得知句章城坚持十余日依然坚守，刘牢之深为震动，对刘裕之骁勇深为叹服，当即令刘敬宣率三千精锐南下救援句章。
刘敬宣率军赶至句章城，见城墙布满刀箭痕迹，护城河被染成红色，可以想像守城之难。
大战开启，结果却出乎孙恩的意料。句章新城虽小，修筑得却十分结实，因为城小所以大军无法展开，相反城中守军却能集中力量防守。
孙恩攻城，城中百姓齐心帮着守城，而刘裕在城外也得附近的百姓通风带路，得以了解孙恩设下的埋伏，迅速地摆脱追兵。
六月一日，得到补给后的乱军，在孙恩的率领下由海上时入长江，突袭丹徒城。此时，乱军已有战船千余艘，部众十余万。
六月二日，京城全面戒严，以司马元显为首的文武官员全部住进西堂。
司马元显命冠军将军高素驻守石头城；辅国将军刘袭用木栅截断秦淮河入江口；丹阳尹司马恢之在长江南岸布防；骠骑大将军府咨议参军及司马桓谦驻守白石城；左卫将军王嘏领中军保护宫城；急召豫州刺史谯王司马尚之率军返京协防；镇北将军刘牢之从山阴率军救援。
京城告急，大乱已起，正是大浪淘沙之时。